IIS et ASP.net 3.5 : avoir la bonne version du framework
Mais où est donc passé le framework 3.5 dans IIS ? En effet si l'on regarde dans IIS on voit qu'on peut choisir la version de ASP.net.
Sous IIS6 (Win 2003) :

Sous IIS7 (Vista) :

On voit sur les captures que l'on peut choisir entre le framework 1.1 et 2.0 mais pas de framework 3.0 ni de 3.5, pourtant le framework 3.5 est bien installé.
C'est tout à fait normal ! Votre site .net 3.5 tournera très bien avec le framework .net 2.0, il n'y a rien à modifier.
Pour comprendre en quoi c'est normal, il faut d'abord se rappeler ce qu'est le framework 3.0 et 3.5 ; redo nous l'explique ici : qu'est-ce que le framework 3.5. Pour résumer le framework 3.x ne fait qu'apporter de nouvelles assemblies (des dll) à .net 2.0 ainsi que de nouveaux compilos (C#3 et VB9), .net 3.x se repose sur la CLR 2.0.
Lorsque vous créez un site .net 3.5, vous ne faites qu'utiliser ces nouvelles assemblies. Ces assemblies sont installées dans le GAC (Global Assembly Cache) lors de l'installation du framework 3.5, IIS n'aura alors aucun mal à les retrouver.
D'un point de vue IIS, votre site web 3.5, reste un "site 2.0" ayant un web.config un peu spécial (mais parfaitement conforme 2.0). Ce web.config référencie les assemblies de .net 3.5 ainsi qu'un nouveau compilo. Si vous voulez comprendre les différents éléments du web.config d'un site .net 3.5, je ne peux que vous conseillez l'article de Scott Mitchell : Dissecting ASP.NET Version 3.5's Web.config File
Il faut voir la combobox de choix du framework au niveau de IIS comme un choix de la CLR, et non comme le choix du framework !