Une chose qui posait problème avec la venue de Firefox 3 était pour ma part de devoir faire tourner Firefox 2 et Firefox 3 en même temps (quand j'ai tous mes navigateurs ouverts pour l'intégration par exemple).
Car pour l'instant, si on en lançait un des deux, en cliquant sur le raccourci de l'autre cela n'ouvrait qu'un autre fenêtre de la version lancée au début. Contrairement à Opera qui peut très bien lancé la version 9.x et la nouvelle version 9.5 à condition de faire des installations séparés.

En faisant quelque recherche, j'ai trouvé quelque chose d'assez intéressant pour régler ce problème.

Tout d'abord, et je pense que vous l'aurez deviné sans que je vous le dise, il est nécessaire de faire des installations séparés des 2 versions. Pour ma part, j'ai :

C:\Program Files\Mozilla Firefox 2
C:\Program Files\Mozilla Firefox 3

Ensuite, il suffira de gérer un profil pour chaque version de Firefox.
Donc pour cela, on va ouvrir le gestionnaire de profil de firefox via la fenêtre de commande :
Démarrer > Exécuter > Taper "cmd"

Windows_Command

Il suffit donc de naviguer jusqu'à votre répertoire d'installation de Firefox (Ici j'ai pris Firefox 2) et d'y taper firefox -profilemanager -no-remote.
Cela ouvrira le gestionnaire de profil de Firefox.

Firefox_Profil Créez-en un nouveau et nommez-le comme vous voulez (Firefox2 et Firefox3 suffira).

Il reste maintenant à créer les raccourcis qui pointeront directement sur les profils souhaité et à ajouter dans le champ Cible des propriétés du raccourci :

"C:\Program Files\Mozilla Firefox 2\firefox.exe" -P Firefox2 -no-remote
"C:\Program Files\Mozilla Firefox 3\firefox.exe" -P Firefox3 -no-remote

Il ne reste alors plus qu'à tester :)

Firefox_Parrallele

Néanmoins, faites attention avec les plugins de Firefox qu'ils ne fassent pas de conflits s'ils sont utilisés en même temps des 2 cotés (ex. la version la plus récente de Firebug ne supporte pas Firefox 2, seulement la 1.05 le peux encore).
Mais si vous utilisez des profils différents pour chaque version, il ne devrait pas y avoir de problème.

Si vous préférez garder le profil default pour l'un des 2 navigateurs, cela fonctionne également (dans le cas où Firefox serait votre navigateur par défaut). Il suffira simplement de ne pas donner d'argument au raccourci comme :

"C:\Program Files\Mozilla Firefox 2\firefox.exe" ou
"C:\Program Files\Mozilla Firefox 3\firefox.exe"

Vous pourrez ainsi garder tous vos plugins et marque-pages déjà existants

PS: Si vous utiliser 2 profils autres que le default, pensez à faire un back up de vos Favoris et de vos extensions car ceux-ci sont liés au profil sur lequel vous les avez installé (généralement, default). Donc ils sont toujours récupérable en ouvrant Firefox avec votre ancien profil si vous avez effectué la manipulation un peu trop rapidement.